Upravni odbor je pored Rektora i Senata jedan od najviših organa Univerziteta u Bihaću. Svoje ovlasti, nadležnosti i djelokrug rada crpi iz zakona i Statuta Univerziteta u Bihaću. Upravni odbor čini devet članova od kojih šest imenuje Vlada Unsko-sanskog kantona a tri člana iz reda akademskog osoblja imenuje Senat Univerziteta u Bihaću. Mandat članova Upravnog odbora je četiri godine.

Nadležnost Upravnog odbora Univerziteta u Bihaću su: Daje mišljenje o Statutu; Donosi Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji, Pravilnik o načinu utvrđivanja plaća na Univerzitetu, kao i druge opće akte koji nisu vezani za akademska pitanja u skladu sa Zakonom; Donosi odluke o osnivanju drugih pravnih lica, osnivanju, statusnim promjenama ili prestanku organizacionih jedinica u skladu sa Zakonom i Statutom; Utvrđuje planove finansiranja i razvoja; Donosi na prijedlog Senata godišnji program rada Univerziteta; Utvrđuje uz pribavljeno mišljenje Senata i u skladu sa Zakonom i ovim Statutom kriterije za raspored sredstava na organizacione jedinice koja Univerzitet stiče iz sredstava Osnivača i vlastitih prihoda; Usvaja godišnji obračun i donosi finansijski plan na prijedlog Senata; Usmjerava, kontrolira i ocjenjuje rad Rektora, dekana i direktora u domenu finansijskog poslovanja; te brojna druga pitanja koja se tiču finansija i organizacije rada na Univerzitetu u Bihaću. Trenutni saziv Upravnog odbora čeka imenovanje a zadnji je brojao osam članova.

Aktuleni članovi Upravnog odbora su:

1. Mahmut Alagić, dipl. pravnik (iz reda osnivača);
2. Ibrahim Kamenjašević, prof. matematike i fizike (iz reda osnivača);
3. Irma Aličajić, dipl. politolog, magistar ekonomskih nauka (iz reda osnivača);
4. Edvin Alijanović, prof. bosanskog jezika s književnošću i historije, magistar humanističkih nauka (iz reda osnivača);
5. Almir Tahirović, dipl. ekonomista, magistar poslovne ekonomije (iz reda osnivača);
6. doc. dr. Ekren Nezirević (iz reda akademske zajednice);
7. prof. dr. Halid Makić (iz reda akademske zajednice);
8. doc. dr. Kenan Mahmutović (iz reda akademske zajednice).