Upravni odbor je pored Rektora i Senata jedan od najviših organa Univerziteta u Bihaću. Svoje ovlasti, nadležnosti i djelokrug rada crpi iz zakona i Statuta Univerziteta u Bihaću. Upravni odbor čini devet članova od kojih šest imenuje Vlada Unsko-sanskog kantona a tri člana iz reda akademskog osoblja imenuje Senat Univerziteta u Bihaću. Mandat članova Upravnog odbora je četiri godine.

Nadležnost Upravnog odbora Univerziteta u Bihaću su: Daje mišljenje o Statutu; Donosi Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji, Pravilnik o načinu utvrđivanja plaća na Univerzitetu, kao i druge opće akte koji nisu vezani za akademska pitanja u skladu sa Zakonom; Donosi odluke o osnivanju drugih pravnih lica, osnivanju, statusnim promjenama ili prestanku organizacionih jedinica u skladu sa Zakonom i Statutom; Utvrđuje planove finansiranja i razvoja; Donosi na prijedlog Senata godišnji program rada Univerziteta; Utvrđuje uz pribavljeno mišljenje Senata i u skladu sa Zakonom i ovim Statutom kriterije za raspored sredstava na organizacione jedinice koja Univerzitet stiče iz sredstava Osnivača i vlastitih prihoda; Usvaja godišnji obračun i donosi finansijski plan na prijedlog Senata; Usmjerava, kontrolira i ocjenjuje rad Rektora, dekana i direktora u domenu finansijskog poslovanja; te brojna druga pitanja koja se tiču finansija i organizacije rada na Univerzitetu u Bihaću. 

Odlukom Skupštine USK broj 01/1-2-45-345/24 od 2.7.2024. godine, na mandatni period od četiri godine imenovan je Upravni odbor Univerziteta u Bihaću:

1. Nanić Husein, predsjednik
2. Dedić Amir, član
3. Dželalagić Nihad, član
4. Hošić Sijana, član
5. Selimović Edin, član
6. Prof. dr. Bešlagić Jasmina, član
7. Prof. dr. Jukić Huska, član
8. Prof. dr. Mujić Emir, član

Aktuleni članovi Upravnog odbora su:

1. Mahmut Alagić, dipl. pravnik (iz reda osnivača);
2. Ibrahim Kamenjašević, prof. matematike i fizike (iz reda osnivača);
3. Irma Aličajić, dipl. politolog, magistar ekonomskih nauka (iz reda osnivača);
4. Edvin Alijanović, prof. bosanskog jezika s književnošću i historije, magistar humanističkih nauka (iz reda osnivača);
5. Almir Tahirović, dipl. ekonomista, magistar poslovne ekonomije (iz reda osnivača);
6. doc. dr. Ekren Nezirević (iz reda akademske zajednice);
7. prof. dr. Halid Makić (iz reda akademske zajednice);
8. doc. dr. Kenan Mahmutović (iz reda akademske zajednice).