Rektorat je tijelo putem kojeg se organizuje rad i rukovodi Univerzitetom u Bihaću. Prvo lice Rektorata je Rektor Univerziteta u Bihaću i on rukovodi radom Univerziteta u čemu mu pomažu članovi Rektorata, a to su: prorektor za nastavu i studentska pitanja, prorektor za naučno-istraživački rad i međuuniverzitetsku saradnju u zemlji i inostranstvu, prorektor za financije i razvoj, generalni sekretar, šef računovodstva, direktor za ekonomsko-financijsko poslovanje Univerziteta.

U Rektoratu su uspostavljeni uredi kao podorganizacione jedinice, i to: Ured za nastavu i studentska pitanja, Ured za naučno-istraživački rad, Ured za međuuniverzitetsku saradnju u zemlji i inostranstvu, Služba za ekonomsko-financijske poslove sa Odjeljenjem računovodstva i Odjeljenjem finansija.